Cmentarz formalnie powstał w 1939r. Dziś funkcjonuje pomiędzy ulicami: Wojska Polskiego i Podgórnej. Pierwotnie należał do parafii Żuków.
9 wrześnie dokonano tu pierwszych pochówków. Byli to żołnierze i cywilne ofiary niemieckich nalotów.
Formalne poświęcenie cmentarza nastąpiło 23 października 1939 r.
W okresie wojennym cmentarz został ogrodzony.
W latach 1944-1945, w specjalnie wydzielonej kwaterze chowano osoby zmarłe w wyniku wycieńczenia i ran w szpitalach ewakuowanych z Warszawy do Milanówka, wśród nich uczestników Powstania Warszawskiego.
W 1946 r. ks. abp Antoni Szlagowski wydał dekret o przyłączeniu gruntów cmentarza do parafii Św. Jadwigi.