Plac pod obecny cmentarz wyznaczono pomiędzy 1810 a 1812 rokiem.

Na planie z 1823r cmentarz posiada kształt półtrapezu o szerokości ok. 75 m i długości krótszego boku ok. 130m co odpowiada określonej pierwotnie 2-morgowej powierzchni (1,1 ha). Jesienią 1817r. zarządzeniem biskupa Skarszewskiego na cmentarzu złożono szczątki zebrane z kościołów: franciszkańskiego, reformatorów i klarysek, które zajęło na swe potrzeby wojsko.

W 1824r. cmentarz powiększył się i przeniesiono wejście od południa. Nekropolia osiągnęła długość nie zmienioną aż do 1918 r

W czasie oblężenia Zamościa 1831r. wojsko zniszczyło ogrodzenie i cmentarz przez następne lata przypominał pastwisko.

W 1917r. z fundacji Józefa Czernickiego wybudowana zostaje kaplica o cechach neogotyckich. Jest to jednonawowa budowla z małą zakrystią. Na poczatku XXw. powstaje też jedyna na cmentarzu kapliczka nagrobna rodziny Badzianów.

Po roku 1920 założono, po prawej stronie od dzisiejszego głównego wejścia, zbiorową mogiłę obrońców Zamościa z I wojny światowej i z wojny z bolszewikami.

Do ostatniego powiększenia cmentarza doszło w 1948r. W latach 60-tych całość ogrodzono jednolitym ceglanym murem, który stracił swój zdobniczy charakter w związku z przysypaniem go skarpami powstałego w 1979r. pobliskiego wiaduktu.

Tuż po II wojnie światowej wybudowano przy głównej alei kwaterę żołnierzy i policjanów, którzy polegli w wojnie obronnej we wrześniu 1939r.

W dniu 28 grudnia 1984r cmentarz w całości został wpisany do rejestru zabytków.

Cmentarz pełen jest pamiątek dokumentujących ofiarę polskich żołnierzy. Ostanią jest grób ppor. Bartosza Orzechowskiego z 2007r., który zgniął w zamachu, broniąc polskiego ambasadora.